Depuis la création de l'ABEJ-Lille, des médecins et infirmières interviennent auprès des personnes sans domicile, qui, très marginalisées ne se rendent pas dans les cabinets médicaux classiques. Là encore, il faut à l'équipe soignante mettre des mots avant de soigner les maux, renouer une relation de confiance. Une fois la personne plus autonome, elle est orientée vers le système classique de prise en charge.

L'équipe médicale est pluridisciplinaire : médecins, infirmières, psychologues interviennent à l'Abej Solidarités, au Point de Repère et au centre d'hébergement, qu'ils soient  salariés ou bénévoles.

En poste avancé parmi une population peu sensible à la santé, les intervenants médicaux de l'ABEJ relaient également les campagnes publiques  à travers des actions de prévention : éducation à la santé, campagnes de vaccination, programme de réduction des risques infectieux.

Le centre de santé de l'association est un observatoire de la santé des plus démunis. L'ABEJ-Lille est un membre fondateur du Réseau Santé Solidarité Lille Métropole.